ミノキシジルを使用し始めると、一部の人に「二次脱毛」と呼ばれる、一時的な抜け毛の増加が見られることがあります。これは、治療効果の現れの一つと考えられており、そのメカニズムは髪の毛の成長サイクルである「ヘアサイクル（毛周期）」と深く関連しています。私たちの髪の毛は、「成長期（髪が活発に成長する期間）」「退行期（髪の成長が止まり、毛根が縮小する期間）」「休止期（髪が抜け落ちる準備をする期間）」という3つの段階を繰り返しています。健康な状態では、多くの髪の毛が成長期にあり、数年間かけて太く長く成長します。しかし、AGA（男性型脱毛症）などでは、このヘアサイクルが乱れ、成長期が著しく短縮されてしまいます。その結果、髪の毛が十分に成長する前に退行期・休止期へと移行し、細く短いまま抜け落ちてしまうのです。そして、休止期にとどまる毛髪の割合が増えてしまいます。ミノキシジルは、毛母細胞を活性化させ、血行を促進することで、この乱れたヘアサイクルを正常な状態に戻そうと働きかけます。具体的には、休止期に入っていた毛根を刺激し、再び活動を開始させ、新たな「成長期」へと移行させるのです。この時、すでに休止期に入り、自然に抜け落ちる準備をしていた古い髪の毛（休止期毛）は、毛穴の奥で新しく力強く生えてくる成長期毛によって、押し出されるような形で抜け落ちていきます。これが、ミノキシジルによる二次脱毛の主なメカニズムです。つまり、二次脱毛は、弱って成長が止まっていた髪の毛が、これから生えてくる健康な髪の毛に場所を譲るための、いわば「髪の世代交代」のような現象なのです。そのため、二次脱毛が起こるということは、ミノキシジルが毛根に作用し、ヘアサイクルが改善され始めている証拠とも言えるのです。